錬金術によって造られ、人に潜み、人に化け、人を食らう怪物ホムンクルス。
ホムンクルスに襲われていた少女を助けようとした武藤カズキは、胸を貫かれ命を落としてしまう。

だが錬金の戦士・津村斗貴子に錬金術の粋を集めて精製された『核鉄』を
失ってしまった心臓の代わりに埋め込まれることによって命を救われる。

ホムンクルスの存在を知ったカズキは大切な人々を守る為、錬金の戦士として闘いの中に身を投じる。